La communauté chrétienne est ancienne à Issy, comme le laisse supposer la protection sous laquelle est placée l’église : saint Étienne, un des premiers martyrs de la chrétienté dont le culte se répand au Ve siècle.
Quelques vestiges du VIIème siècle, situés sous le jardin du presbytère, témoignent de cette période.
L’ancien tympan du XIIème siècle est toujours visible à côté de l’autel de la vierge.
L’église disparaît en 1336. De celle qui la remplaça il ne reste que la cloche.
L’église actuelle date de 1618 et compte parmi les plus anciennes du département des Hauts-de-Seine.
En 2006 et 2007 l’édifice a fait l’objet d’une importante campagne de restauration.
Les travaux ont non seulement porté sur la construction elle-même, mais aussi sur les œuvres et éléments mobiliers conservés à l’intérieur.
Des tableaux remarquables décorent l’intérieur de l’édifice.
L’orgue a été entièrement restauré en 2014.
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